De VMM coördineert het integraal waterbeleid. Ze volgt de toestand van de watersystemen op, beheert de onbevaarbare waterlopen van eerste categorie en het grondwater, plant en houdt toezicht op de zuiveringsinfrastructuur en ontwikkelt beleidsinstrumenten om de gewenste milieudoelstellingen voor water te bereiken.
De Europese kaderrichtlijn Water, omgezet in het Vlaams decreet Integraal Waterbeleid, stelt als doel voor de oppervlaktewaterlichamen o.a. een goede ecologische toestand voorop. De biologische kwaliteitselementen fytoplankton, macrofyten, fytobenthos, macro-invertebraten en vissen, en een aantal hydromorfologische en fysisch-chemische parameters bepalen de ecologische toestand.
Het doel wordt bijna nergens bereikt. Heel wat waterlichamen scoren wel al goed voor een of meerdere biologische kwaliteitselementen.
De toestand verbetert langzaam.
